Ulaştırma türleri arasındaki dengesizliğin giderilmesi için temel hedeflerden biri de, yurtiçi yük taşımalarında %3, yolcu taşımalarında ise neredeyse hiç yer almayan denizyolu taşımacılığının geliştirilmesidir. Türkiye’de bu amaçla, yurtiçi denizyolu taşımalarında ÖTV liman tarifeleri indirim uygulamalar devreye sokulmuştur. Özellikle yurtiçi yolcu taşımacılığında denizyolunun payı halen çok düşüktür. Ulaştırmada karayolu taşımalarının denizyoluna kaydırılması ve yakın yol deniz taşımacılığının tanıtılması AB ulaştırma politikaları açısından çok önemlidir. Bu çerçevede, Deniz Otoyolları (MoS) kavramı oluşturulmuştur. Türkiye de, Samsun ve Mersin limanlarıyla Güneydoğu Avrupa Deniz Otoyolu’nda yer almaktadır. Uluslararası ulaştırma koridorlarına dahil edilen bu limanlarımızın demiryolu bağlantıları bulunmaktadır. Bu sayede, özellikle TRACECA projesi kapsamında Samsun Limanı ile Romanya’nın Köstence Limanı arasında feribot hattı ile ulaşım gerçekleştirilmektedir. Bunun yanında, Samsun Limanı ile Batum, Poti, Varna, Burgaz, Köstence, Illychevsk limanları arasında, demiryolu-denizyolu kombine taşımacılık hattının oluşturulması için bir proje mevcuttur. Yine, demiryolu ile Derince ile Köstence Limanı bağlantılı çalışan tren ferisiyle Romanya'ya taşıma yapılması mümkündür. Mersin limanında ise, Ortadoğu ülkelerine yönelik taşımaların geliştirilmesi amacıyla demiryolu feribot yanaşma rıhtımı yer almaktadır. TRACECA projesine dahil olan Samsun limanına indirilen yüklerin, Mersin limanına ulaştırılması ve buradan Ortadoğu ülkelerine dağıtılması amacıyla Samsun-Mersin arasında demiryolu hattının etkin olarak kullanılması için projeler de mevcuttur. Bu sayede, Orta Asya, Karadeniz ve Kafkas ülkelerinin yükleri Akdeniz’e indirilebilecektir. Bu projelerin gerçekleştirilmesi için Türkiye’de multimodal taşımacılığa uygun altyapı yatırımlarının yapılması ve lojistik merkez mantığında hareket eden aktarma terminallerine önem verilmesi gerekmektedir.